مؤسسه آموزشي و پژوهشي امام خميني^{رضوان‌الله‌تعالي‌عليه} به عنوان يکي از مراکز علمی برجسته حوزه علمیه، آموزش نظام‌مند علوم انساني دانشگاهي به طلاب علوم ديني را با رویکردی انتقادی و در راستای تولید علوم انسانی اسلامی به عهده دارد. سابقه مؤسسه امام خميني ^{رضوان الله تعالي عليه} عملاً به آغاز کار بخش "آموزش مؤسسه در راه حق" بر مي‌گردد. بخش آموزش مؤسسه در راه حق به ابتکار آيت الله مصباح يزدي در سال 1354 راه اندازي شد. با پيروزي انقلاب اسلامي ایران در سال 1357، نيازهاي جديد فکري جامعه ديني، و استقبال روزافزون از برنامه آموزشي مؤسسه در راه حق، سبب تاسيس بنياد فرهنگي باقرالعلوم به عنوان مرکزي مستقل در جهت ساماندهي مناسب تر به اين آموزش ها  در سال 1364 شد. شکل گیری گروه های تخصصی و ضرورت فعالیت های پژوهشی برای دستیابی به ديدگاه هاي اسلام در رشته های مختلف علوم انسانی، نیاز به تأسیس مرکز تخصصی علوم انسانی و اسلامی را دوچندان ساخت؛ از اين رو در سال 1370 حضرت آیت الله مصباح تأسیس نهادي با اهداف فوق را به محضر مبارک مقام معظم رهبري ^{مدظله العالی} پيشنهاد کرد و با موافقت و حمايت‌هاي معظم له طرح مؤسسه آموزشي و پژوهشي امام خميني ^{رحمت الله تعالي عليه} تهيه و عمليات ساختماني آن در سال 1370شروع شد و در سال 1374 به بهره برداري رسيد.